Pomimo, że urzędy skarbowe generalnie wiedzą jak radzić sobie z fakturami elektronicznymi, inne jednostki administracji publicznej nadal mają z tym problem. Jeden z polskich dealerów samochodowych miał problemy z rejestracją samochodów bo wydziały komunikacji przy urzędach wojewódzkich odmawiały przyjęcia dowodu zakupu w postaci faktury elektronicznej. Sprawą zajęły się w sumie cztery ministerstwa - MF, MG, MI i MSWiA. Po pierwsze, w razie odmowy rejestracji pojazdu na podstawie faktury elektronicznej można odwoływać się do Samorządowego Kolegium Odwoławczego. Po drugie, wydrukowana faktura elektroniczna nie jest fakturą, więc urząd istotnie ma prawo jej nie przyjąć. Po trzecie według MF urząd rejestrujący nie ma prawa odrzucić faktury elektronicznej dostarczonej do urzędu w formie elektronicznej, czyli np. na CD.
Komentarz: jak to powinno wyglądać w praktyce gdyby hipotetycznie założyć, że celem urzędu jest po prostu zarejestrowanie pojazdu? Urzędnik powinien poprosić wnioskującego o przysłanie faktury zwykłym mailem. Przecież jej integralność i autentyczność jest i tak chroniona! Jeśli sprawa oparła się o SKO i ministerstwa to opór musiał być rzeczywiście zaciekły.